À côté de la Portioncule d'Assise se trouve la Chapelle du Transit, l'ancienne infirmerie du monastère, où, le soir du 3 octobre 1226, saint François reçut la Mort en chantant. Chaque année, le 3 octobre, au coucher du soleil, la commémoration du transit du saint est célébrée solennellement dans le monde entier. À Jérusalem, la célébration, présidée par le frère Francesco Patton, Custode de Terre Sainte, en présence des frères de la Custodie, des communautés religieuses présentes en Terre Sainte et des chrétiens locaux, s'est déroulée au monastère de Saint-Sauveur. Dans son homélie, le Custode de Terre Sainte a parlé du don de la vie éternelle. « Ce que nous recherchons, à plus ou moins long terme, » a-t-il déclaré, « c'est une vie pleine (c'est-à-dire heureuse) et éternelle. Ce que saint François nous enseigne avec son parcours existentiel, c'est que nous nous préparons à cette vie pleine et éternelle à travers une série de passages pascals qui, de temps en temps, nous amènent à voir mourir une partie de nous (ou à la laisser mourir) pour arriver à une forme de vie plus authentique et plus comblée. Comme François s'y est entraîné toute sa vie, il peut dire à l'heure de la mort, le sourire aux lèvres : "Ma sœur la mort est désormais la bienvenue ; pour moi, elle sera la porte de la vie." » Au cours de la célébration des vêpres, 42 frères étudiants du couvent d'Ein Karem et de Saint-Sauveur, aux origines diverses, ont renouvelé leurs premiers vœux. L'un des moments les plus émouvants est la narration du Transitus de saint François, avec le Cantique des Créatures à la fin. Les célébrations ont repris le lendemain matin, avec une messe au sein de l'église de Saint-Sauveur. Paré de magnifiques fleurs, l'autel a accueilli les célébrants et la longue procession de Franciscains et d'autres prêtres et religieux qui se sont joints, dans un esprit de communion fraternelle, à la joie de cette journée. Étaient également présents des représentants des autorités religieuses, des consulats de Jérusalem et des églises catholiques de rite oriental. Conformément à la tradition, qui veut que les Dominicains président la célébration de la fête de saint François (et inversement pour la saint Dominique), la messe a été présidée par le Fr. Martin Staszak, prieur du monastère de Saint-Etienne. L'homélie a quant à elle été prononcée par le père Anthony Giambrone, directeur adjoint de l'École biblique de Jérusalem, qui a souligné que « l'Église, de par sa nature », devait « grandir dans tous ses membres jusqu'à l'homme parfait et jusqu'à la hauteur de la maturité du Christ. Nous en voyons un reflet dans la croissance du charisme franciscain, » a-t-il poursuivi. « Dans la fécondité de saint François, nous voyons comment l'Esprit lui-même lui a donné sans mesure ce qui l'a amené à la splendeur du témoignage évangélique. »